양도세 보유공제 없애나…고가주택 공정가액비율 상향 검토

장특공제 보유기간 공제 폐지 방안 검토 거주 공제에도 10억원대 상한 설정 논의 종부세율 대신 공정시장가액비율 높일 듯 이재명 대통령이 23일 열린 부동산 대토론회에서 보유세 강화를 시사하면서 7월 말~8월 초로 예정된 정부의 세제개편안 발표에 이목이 쏠리고 있다. 정부는 이번 부동산 세제개편에서 보유세를 현재보다 강화하고 ‘똘똘한 한채’에 대한 세제 혜택을 축소할 것으로 예상된다. 24일 서울 송파구 롯데월드타워 서울스카이에서 아파트 단지 등 주거 지역이 내려다보이고 있다. 2026.07.24. 서울=뉴시스 정부가 1세대 1주택자에게 적용되는 양도소득세 장기보유특별공제 가운데 보유기간에 따른 공제를 폐지하는 방안을 검토하고 있다.거주기간에 따른 공제는 유지하되 공제액에 상한을 설정하는 방안도 논의 중이다. 이른바 ‘똘똘한 한 채’를 장기간 보유하면서 실제로 거주하지 않는 1주택자의 세 부담을 높이고, 초고가 주택일수록 공제 혜택이 커지는 구조를 손보겠다는 취지로 풀이된다.28일 정부에 따르면 재정경제부는 다음 달 초 발표할 세제 개편안에 이 같은 양도소득세 장기보유특별공제 개편 방안을 담는 방안을 검토하고 있다.현행 제도는 3년 이상 보유한 1세대 1주택자에게 보유기간과 거주기간에 따라 각각 연 4%씩 장기보유특별공제를 적용한다.보유기간 공제율은 10년 이상 보유하면 최대 40%, 거주기간 공제율도 10년 이상 거주하면 최대 40%다. 두 공제를 합치면 과세 대상 양도차익의 최대 80%까지 공제받을 수 있다.정부는 이 가운데 주택을 오랫동안 소유한 데 따른 보유기간 공제를 없애거나 축소하는 방향을 살펴보고 있다.개편이 이뤄지면 주택을 장기간 보유하더라도 실제 거주한 기간이 짧을수록 받을 수 있는 공제가 크게 줄어든다. 실제 거주보다 자산가치 상승을 기대해 고가주택 한 채를 보유한 사람의 양도세 부담이 상대적으로 커질 수 있다.거주기간 공제에는 일정 금액의 상한을 설정하는 방안이 검토되고 있다.현행 장기보유특별공제는 양도차익에 공제율을 곱하는 구조다. 이에 따라 보유·거주기간이 같더라도 양도차익이 큰 초고가 주택일수록 공제받는 금액도 함께 커진다.정부는 거주기간에 따른 공제액에 상한을 두면 일정 금액을 넘어선 양도차익에는 추가 공제가 적용되지 않아 초고가 주택에 혜택이 집중되는 현상을 줄일 수 있을 것으로 보고 있다.상한 수준으로는 10억원대가 거론되지만 구체적인 금액은 아직 정해지지 않았다. 정부가 별도로 검...