“이사하며 주택2채 구입…사업·거주했어도 양도세 못 깎아준다”[세금GO]

등록 2026-10-04 오전 8:00:03 수정 2026-10-04 오전 8:00:03 가 가 [세종=이데일리 김미영 기자] 직장 문제로 서울에서 경기 안산시로 거주지를 옮기면서 주택 2채를 한꺼번에 취득한 납세자가 양도소득세 중과를 피하려 했지만 대법원에서 최종 패소했다. 대법원은 지난달 23일 신모씨가 서산세무서장을 상대로 낸 양도세 경정거부처분 취소 소송 상고심에서 원고의 상고를 기각했다. 사건은 신씨가 2021년 귀속 양도세를 신고하면서 시작됐다. 서울에 거주하던 신씨는 근무상 형편 등을 이유로 안산시로 주거를 옮기면서 제1·2부동산을 취득했다. 두 부동산은 각각 독립된 건물로 등기돼 있었다. 신씨는 이후 조정대상지역에 있는 제1부동산의 주택 부분을 양도한 뒤 세무서에 양도소득세 2억4517만원을 돌려달라는 경정청구를 했다. 신씨는 자신과 동생의 직장이 안산시에 있어 근무상 형편에 따라 주거를 옮겼고, 두 부동산의 1층에서 사업을 하면서 거주했다고 주장했다. 따라서 직장 이전 등 부득이한 사유로 주택을 취득해 일시적으로 2주택자가 된 경우에 해당하므로 양도세 중과 대상에서 제외돼야 한다는 것이다. 신씨는 장기보유특별공제도 요구했다. 근무상 형편 등 부득이한 사유로 이사한 경우에는 보유기간과 거주기간 제한을 받지 않는 규정이 있으므로, 1세대 1주택자에게 적용되는 높은 공제율을 인정해야 한다는 주장이었다. 장기보유특별공제는 부동산을 오래 보유한 경우 양도차익 일부를 과세 대상에서 빼주는 제도다. 일반 공제율은 보유기간에 따라 최대 30%지만, 일정 요건을 충족한 1세대 1주택자는 보유기간과 거주기간에 따라 각각 공제율을 적용받아 합산 최대 80%까지 공제받을 수 있다. 그러나 세무당국은 신씨의 경정청구를 거부했다. 신씨가 근무상 형편으로 다른 시·군으로 이사하기 위해 새 주택을 추가로 취득한 것이 아니라, 같은 안산시에 있는 부동산 2곳을 동시에 취득했기 때문에 양도세 중과 배제 요건에 해당하지 않는다고 봤다. 장기보유특별공제 역시 법에서 정한 요건을 충족하지 못했다고 판단했다. 법원도 당시 소득세법 시행령이 정한 양도세 중과 배제 특례는 기존 주택을 보유한 상태에서 근무상 형편 등으로 다른 시·군으로 이사하며 새 주택을 추가 취득해 2주택자가 된 경우에 적용된다고 판단했다. 재판부는 “안산시로 이사하기 위해 제1부동산을 취득할 필요가 있었다 하더라도, 같은 안산시의 제2부동산까지 추가로 취득해 2주택자...